仙桃学术 | 2021年最新7+sci零代码复现，想发代表作？想不走寻常路？这个套路绝对适合你！
今天给各位看官复现一篇最新发表的单基因泛癌纯生信文章，该文章发表于Computational and Structural Biotechnology Journal杂志上，最新影响因子为7.27分
本文章的题目为：MXD3 as an onco-immunological biomarker encompassing the tumor microenvironment, disease staging, prognoses, and therapeutic responses in multiple cancer types.
在本篇文章中，作者所下载的数据集主要来源于TCGA和GTEx数据库。
使用工具
- 仙桃学术工具
https://www.xiantao.love/ - TIMER 2.0
http://timer.cistrome.org/ - GPS-Prot
http://gpsprot.org/index.php - OPENTARGET platform
https://platform.opentargets.org/ - Enrichr
https://maayanlab.cloud/Enrichr/ - GSCALite
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/web/GSCALite/ - ROC Plotter
http://www.rocplot.org/ - GEPIA2
http://gepia2.cancer-pku.cn/#index - TIDE algorithm
http://tide.dfci.harvard.edu/ - Compare module of NIH
https://dtp.cancer.gov/databases_tools/compare.htm - UALCAN
http://ualcan.path.uab.edu/index.html - Protein Data Bank
https://www.rcsb.org/ - Avogadro molecular builder and visualization tool
http://avogadro.cc/ - PyMOL Molecular Graphics System, vers. 1.2r3pre
https://pymol.org/edu/?q=educational/
复现任务
- Fig.2
MXD3蛋白的突变体、定位、单细胞突变、功能伴侣和表达谱； - Fig.3
MXD3蛋白在多种肿瘤内存在表达异常； - Fig.4
热图显示MXD3蛋白与多种肿瘤内6种免疫细胞和4种免疫抑制细胞浸润之间的相关性； - Fig.5
MXD3蛋白的表观遗传学修饰介导T细胞表型失调和多种癌种的不良预后； - Fig.6
MXD3蛋白的基因突变和癌基因特征与其功能伴侣蛋白失调的共相关性，以及其余多个癌种不良预后的相关性； - Fig.7
MXD3与多种癌症的治疗效果存在密切关联；
复现步骤
1) Fig.2 MXD3蛋白的突变体、定位、单细胞突变、功能伴侣和表达谱；
1.点击 https://wlab.ethz.ch/protter/start/进入PROTTER网站，选中Start PROTTER进行蛋白输入页面，按照下述操作选中人源的MXD3蛋白；
2.点击submit即可得到Fig.1A的图像，点击export输出pdf格式的图片，再通过AI软件进行加工即可得到和Fig.1A完全一样的结果；
3.点击 https://www.proteinatlas.org/，进入蛋白注释网站-Human protein atlas，按照下述步骤键入MXD3，并选中cell模块进行免疫荧光图片集，即可得到如下第二张截图的结果，其即为Fig.2B；
继续下拉页面至底部，即可得到Fig.2D中有关不同细胞周期中MXD3的表达情况（如下第三张截图）；
4.点击 https://www.genecards.org/进入Genecard页面，按照如下截图输入MXD3基因分子，点击MXD3进入基因注释页面；
选中Expression选项即可跳转至MXD3在不同组织间表达的柱状图，右键点击图片另存为即可得到如如下第三张截图的结果，即为Fig.2C；
5.点击 http://gpsprot.org/index.php进入GPS-Prot页面，键入MXD3蛋白，即可得到如Fig.2E完全一致的PPI网络图；
6.点击 https://platform.opentargets.org/进入OPENTARGET platform网站，输入MXD3蛋白，点击下拉框弹出的分子选项；
按照第二张截图所示，将最小得分限制为0，选中大多数Therapeutic area即可得到类似fig.2F的结果，如截图第三张截图所示；
2) Fig.3 MXD3蛋白在多种肿瘤内存在表达异常；
1. 点击链接（ https://www.xiantao.love/）进行仙桃工具页面，按照如下图所示的顺序，依次选中MXD3的泛癌箱式图分析，即可得到类似于Fig.3A的MXD3在TCGA肿瘤样本内的表达差异结果，即第二张截图所示；
2. 按照如下截图所示的选项，可获得MXD3在KICH不同肿瘤分期之间的差异表达结果
此处以KICH为例，图像结果如第二张截图所示，其余肿瘤的分析也是诸如此类，此处不再赘述，此即Fig.3B的结果；
3. Fig.3C结果复现，根据作者的箱式图结果，可推断出primary代表为M0期的肿瘤，而metastasis即为M1期肿瘤
按照如下图所示的顺序即可得到MXD3在BRCA乳腺癌在normal、M0期和M1转移期肿瘤间的差异表达结果，即为第二张截图所示；此处仅以BRCA为示例，其余类型的肿瘤同理；
4. Fig.3D结果复现，按照如下截图的顺序任选一种TCGA肿瘤，键入MXD3分子，点击确认即可得到PRAD（前列腺癌）的预后K-M plot曲线，结果如第二张截图所示，其余肿瘤同理操作；
3) Fig.4 热图显示MXD3蛋白与多种肿瘤内6种免疫细胞和4种免疫抑制细胞浸润之间的相关性；
1. 点击 https://cistrome.shinyapps.io/timer/ 进入TIMER 1.0版本，按照如下兔所示键入MXD3基因，在Cancer Type中手动全选所有的癌种；
下拉至浸润的免疫细胞类型（如第二张截图所示），点击提交，P value即为MXD3与肿瘤占比度和6种免疫细胞浸润的相关性数据，点击下载Excel表格；
2. 如下图所示，即为MXD3与6种免疫浸润和肿瘤占比度在泛癌中的相关性数据
如第二张图所示，利用excel的筛选功能依次选中purity和6种免疫细胞，最终整理为如第三和第四张截图所示的结果，包含相关系数和对应的p值；
3. 点击链接（ https://www.xiantao.love/）进行仙桃工具页面，在基础绘图模块下选中相关性热图-相关矩阵选项（第一张截图）
按照如下第二张截图的示例进行相关性热图绘制，即可得到类似于Fig.4A的结果；
4. 点击 http://timer.cistrome.org/ 进入TIMER 2.0网站，键入MXD3基因，依次选中MDSC，Tregs，CAF，Macrophage，即可得到33种肿瘤内MXD3与上述免疫细胞浸润之间的相关性热图
此处以MDSC为例，点击jpg下载得到如第二张图所示的结果，其余免疫细胞也是类似的操作方法，此即Fig.4B的结果。
5. 点击 http://tide.dfci.harvard.edu/进入TIDE网站，按照如下截图所示，进行MXD3与其他生物标志物进行免疫检测点抑制剂疗效预测的对比
点击提交，选中response即可得到Fig.4C的图像（第二张截图），而选中overall survival则可得到Fig.4D的图像（第三张截图）；
4) Fig.5 MXD3蛋白的表观遗传学修饰介导T细胞表型失调和多种癌种的不良预后；
1. 点击 http://ualcan.path.uab.edu/index.html进入UALCAN网站，根据如下截图在TCGA选项下键入MXD3蛋白在任选一种肿瘤内进行分析
点击提交，即可得到如第二张截图所示的结果，选中methylation进行Normal vs Carcinoma之间的分析
2. 此处以COAD肿瘤为例进行展示，结果如下，即Fig.5A，其余肿瘤的操作同理；
3. 点击 http://tide.dfci.harvard.edu/query/进入TIDE网站，进行MXD3甲基化与CTL功能失调的相关性分析，依照下图顺序进行操作，即可得到第二张截图的结果，选中methylation模块，从而最终得到Fig.5B
在第二张截图中点击Risk里面的眼睛符号，即可得到相应的KM生存曲线，结果也为Fig.5C
5) Fig.6 MXD3蛋白的基因突变和癌基因特征与其功能伴侣蛋白失调的共相关性，以及其余多个癌种不良预后的相关性；
1. 点击 http://www.cbioportal.org/进入cBioportal网站，按照下述截图进行MXD3的检索，即可得到Fig.6A的结果，如第三张图所示，需要自行修建即可得到完美图片；
2. 选择Comparison/Survival模块，点击survival亚选项，即可进行OS、DSS、PFS和DFS的生存分析，和Fig.5B结果一模一样；
4. 按如下截图所示，可获得Fig.6D的MXD3突变共发生的结果，下载之后的图片为第二张图片所示；
5. 上接第四步操作，下拉页面至table处，可得到包含p值、q值、Log Ratio和基因的列表，如下图所示，根据作者在方法部分列出的条件
首先将基因在突变组按照从高到底的顺序进行排列，参照log Ratio需大于5的条件，选中合适的基因
按照第二张截图的样式，将基因添加至搜索框中；
6. 从而得到如Fig.6E的结果图像；如下图所示；
7. 由于Oncomine数据库暂存故障，无法登陆，对于Fig.7 C, F, H可自行酌情复现；
6) Fig.7 MXD3与多种癌症的治疗效果存在密切关联；
1. 点击 https://www.cancerrxgene.org/登陆至GDSC网站，检索框内键入MXD3，结果为空值，与作者得出的结果非常不一致，文章图片的正确性有待商榷；
2. 点击 http://www.rocplot.org/进入ROC plotter网站，由该页面可看到Fig.7B中四种肿瘤的陈列，说明作者是由此得到的相应结果，此处以卵巢癌为例进行分析展示
点击Ovarian cancer之后，可得到如第二张截图所示的结果，依照顺序自上而下进行选择，最终得到与Fig.7B中卵巢癌相同的结果图像，即第三张截图；
3. 点击 http://tide.dfci.harvard.edu/ 进入TIDE网站，在主界面的基因检索框内键入MXD3，即可得到MXD3表达与CTL和生存的 相关性结果，如下图所示；
4. 此处以melanoma为例，根据作者给出的结果，选择第三行的melanoma即可得到MXD3与CTL相关性的结果，为下图所示
而对应的生存曲线图则与作者给出的不相符合，可明显看出作者在拼图时存在严重的失误；其余肿瘤的筛选也是类似的方法，此处不再重复。
作者：Jerry
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