这是小智陪伴我们的最后一集，本集他终于悟出了成为宝可梦大师的方式。
本集开头小霞和小刚在道路分叉口告别，似乎是意识到这次一别不知何时再见，可达鸭哭着和皮卡丘抱了很久。
小智独自一人踏上了回真新镇的路，等到进家已经天黑了，看着满身灰尘的小智和皮卡丘，智妈让其先进浴室洗澡，自己则去厨房准备晚餐。
洗完澡的小智坐上餐桌开始大快朵颐，席间和妈妈分享这次旅行的见闻，饭后小智和皮卡丘上床睡觉，睡前小智居然还在挂念着拉帝亚斯和拉帝欧斯，属实有点多虑了。
次日早晨真新镇的嘟嘟利按时报晓，正如无印第一集那样，还是未能叫醒熟睡的小智，还是智妈去催醒了小智，提醒他今天和大木博士有约，小智害怕迟到衣服也忘了换就要跑路，还是智妈提醒了小智。
小智这次没有换上妈妈给的新鞋就前往大木博士研究所，来到大木研究所门口小智碰到了准备出门的小建，匆匆打了个招呼后小智就进入了研究所，在那里看到了一脸发愁的大木博士。
一问之下了解到给新人准备御三家里的小火龙不见了，小智来到后院召集老宠一起寻找，一翻搜寻后在一个乱石堆形成的洞穴里找到了小火龙，将其带回过程中小智遇到了小茂，两人一起回到了研究所内，大木博士开始给御三家体检，小智和小茂就不打扰大木博士走到外面，青梅竹马有要事相谈。
小茂先是恭喜小智拿到冠军，接着询问小智离宝可梦大师的目标还有多远，这把小智给难倒了，嘴上一直说着宝可梦大师，这到底是个啥呢？发现小智还在迷茫，小茂暂时离开留小智一个人细细思索。
一时半会没能想出答案的小智打算暂时在家里住一段时间，他参与照顾后院老宠，和它们一起溜冰玩耍好不惬意，小建没多久也回来了，在未见的日子里他也有所长进，进化成末入蛾的毛球就是他修炼的成果。
此时火箭队三人组也在总部忙碌着，不出任务的他们转居幕后成了食堂工作人员，安定不是三人组想要的生活，但是彼此的芥蒂还未消除，他们还是想以自己的方式证明能力，为此他们各自行动准备抓到皮卡丘，可意外在常青森林里碰面让他们觉得之前的矛盾不算什么，如今出现在这里说明他们是心意相通的最棒三人组，三人组立刻和好开始制定皮卡丘抓捕计划。
这一次计划非常顺利，因为小智除了皮神其他的宝可梦全放后院了，就在皮卡丘要被抓走的危急时刻意外的救兵登场了，没错它正是无印被小智放生的比雕，比雕的突然出现让三人组方寸大乱，被比雕和皮神联手打飞。
比雕这次是来找小智要求归队的，它带着族群已经十分强大不需要它的保护，小智于是十分开心的抱住了比雕。
短暂的兴奋过后小智躺在草坪上再次思考起了宝可梦大师的含义，突然乌云密布下起了雨，小智带着皮卡丘坐在一颗大树下躲雨，过了一会很多野生宝可梦也来到了树下避雨，小智开始坐而论道，他认为拿到冠军不是结束而是开始，他仍然以一个挑战者的身份迎接冒险和遇见新的宝可梦，然后说出了自己心中宝可梦大师的含义，那就是和所有宝可梦成为朋友。
自我解读后小智内心和天气一样如拨云见日茅塞顿开，雨过天晴天空中出现了美丽的彩虹，避雨的宝可梦们为着自己的目标纷纷开始行动，大地重新焕发生机，小智和皮卡丘也向着彩虹开始奔跑。
当妈妈花子以为小智又在睡懒觉准备叫他的时候，小智已经换上了新鞋开始了新旅程，而本集最后不再是to be continue了，说明小智的旅行是真的结束了。
那么你觉得小智的旅行还有什么遗憾呢？我觉得比起收服神兽，小智没能收服他最喜欢的土龙弟弟才是最遗憾的！并且火爆猴也未能回归，原本这两个宝可梦都在第九世代有新进化型大有入队可能，可惜木已成舟没有如果。